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Pour synchroniser tous les dépôts pour lesquels auto-sync=true est défini, exécuter emaint sync avec le commutateur --auto (-a en abrégé). C'est généralement la commande qui doit être exécutée régulièrement, avant les mises à jour du système et l'installation de paquets (elle est équivalente à l'ancienne commande emerge --sync) :