crossdev は自動的に、PORTDIR_OVERLAY で設定されている最初のオーバーレイの中に ebuild と categories を生成します。crossdevが、 layman のオーバーレイや自分のマシン固有のオーバーレイ (通常は /usr/local/portage に作成される) を妨害するのを防ぎたいかもしれません。そのためには、 crossdev 専用のオーバーレイを作成するとよいでしょう:
PORTDIR_OVERLAY