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Gentoo は、コアソフトウェア (システムソフトウェア) に関して多数の代替の選択肢を許しています。これにより、ユーザは自身の必要と好みに応じて簡単に Gentoo を適応させることができます。実際、ユーザはどのパッケージをインストールするかしないかを、ほとんど完全にコントロール出来ます。この点が、置き換えられない特定のサブシステムの周りに構築されていたりする、他の多くのディストリビューションとの主要な相違点です。Gentoo の柔軟性のために、Gentoo に「バリアント」「エディション」「フレーバー」などはありません。デフォルトのインストール状態からそれぞれのユースケースに合わせてすべてを適合させることができるため、その必要が無いのです。