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From Gentoo Wiki
Na verdade, não há diferença entre as diversas versões depois delas estarem instaladas. O Gentoo versão 1.4 e as mais recentes são baseadas no glibc-2.3.x (ou maior). Dessa forma, executando emerge --sync && emerge -uDN @world irá atualizar o sistema inteiro com o "último Gentoo". As diferenças entre as versões individuais ficam nas midias de instalação e nos pacotes pré-compilados. Veja o Guia de Atualização do Gentoo para maiores informações sobre perfis e seu papel na atualização.