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Gentoo utilise un système de ports semblable aux ports BSD appelé Portage - un système de gestion de paquets qui offre une grande flexibilité pour installer, maintenir et mettre à jour les logiciels. Portage prend en charge des options de compilation avec les USE flags, des dépendances conditionnelles, l'installation sûre des paquets via un bac à sable (NdT: 'sandbox' en anglais), des cas d'usage par défaut adaptables à l'utilisation grâce aux profils et la protection des fichiers de configuration - parmi beaucoup d'autres fonctionnalités. Toutes ces fonctionnalités s'accordent ensembles pour faire de Gentoo un système d'exploitation très adaptable, qui peut aisément suivre les usages spécifiques demandés en cas de besoin, mais qui laissé dans sa configuration par défaut fournira un environnement simple et efficace.