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Les drapeaux USE peuvent modifier une gamme de comportements de paquet. Ils définissent souvent des options au moment de la compilation, bien que ces options de configuration ne soient pas systématiquement exposées via les drapeaux USE - il appartient aux mainteneurs de paquets de décider quelles options sont utiles à fournir sous forme de drapeaux USE. Les drapeaux USE peuvent spécifier quelles bibliothèques ou utilitaires optionnels seront liés à un paquet, déterminant souvent les dépendances. Un autre exemple de ce que les drapeaux USE peuvent modifier est les fichiers inclus dans une installation, comme l'inclusion ou non de la documentation.